Программа магистратуры «Финансы государственного сектора» обеспечивает подготовку магистров, обладающих теоретическими, практическими и аналитическими компетенциями в области государственных и муниципальных финансов на основе органичного сочетания лучших традиций российской высшей школы с новыми требованиями, которые диктуются современными процессами глобализации и развитием «экономики знаний».
Особое внимание уделяется сближению в учебном процессе теории и практики, а также учету требований к выпускникам образовательной программы работодателей, таких как Министерство финансов Республики Башкортостан и подведомственные ему службы, финансовые органы субъектов Российской Федерации и муниципальных образований, органы государственного (муниципального) финансового контроля, государственные корпорации, государственные и муниципальные учреждения, организации, специализирующиеся на исследовании проблем государственных и муниципальных финансов.