Основными задачами Финуниверситета в области научной деятельности являются выполнение фундаментальных и прикладных научных исследований, использование новейших научных достижений и технологий в обучении, развитие творческой деятельности научно-педагогических работников и обучающихся, разработка наукоемких проектов в интересах развития экономики.

Научная деятельность строится на следующих принципах:

• сохранение и развитие научных школ университета;
• поддержка и стимулирование фундаментальных и прикладных исследований по приоритетным направлениям развития науки в области экономики, финансов, юриспруденции, политологии, управления, менеджмента и других областях;
• обеспечение органичной связи научных исследований и образовательного процесса путем привлечения научно-педагогических работников и обучающихся к научно-исследовательской работе.

Основные направления научной деятельности:

• обеспечение перспективного и текущего планирования научной деятельности;
• исследования в рамках общеуниверситетской комплексной темы;
• прикладные исследования по Государственному заданию в рамках бюджетного финансирования;
• хоздоговорные научные исследования и услуги в научной сфере, выполненные по заказам министерств, ведомств и организаций;
• исследования, выполняемые в рамках выигранных грантов и грантов Научного фонда Финуниверситета;
• подготовка и издание научных и учебных публикаций;
• подготовка научно-педагогических кадров через аспирантуру и докторантуру;
• организация научно-исследовательской работы студентов и аспирантов;
• организация и проведение научных мероприятий (конференции, круглые столы, семинары).

Приоритетными для Финуниверситета являются научные исследования и информационно-аналитические разработки, осуществляемые по заданию Правительства Российской Федерации.

Приоритетными направлениями научных исследований Финансового университета являются:

• финансовое обеспечение развития экономики и социальной сферы;
• корпоративное управление и стратегии бизнеса;
• информационно-аналитическое обеспечение систем управления в условиях использования информационных технологий            (е-аудит);
• экономическая безопасность;
• глобализация и институциональная модернизация мировой экономики.

Научный потенциал Финуниверситета на настоящее время представлен 55 кафедрами, 4 научно-исследовательскими институтами, 3 научными центрами, 4 научно-исследовательскими лабораториями при кафедрах