​​В начале 1990-х годов переход экономики страны к рыночным отношениям потребовал специальностей нового профиля. В связи с этим Финансовая академия  создала в 1993 г. кафедру «Ценные бумаги и биржевое дело» (первую кафедру подобного рода в России) и с 1994/95 уч. года - соответствующую специализацию. Создатель кафедры – известный российский экономист профессор Я.М.Миркин.

В 2006 году решением Ученого Совета Финакадемии специализация «Рынок ценных бумаг и биржевое дело» изменена на «Финансовые рынки и финансовый инжиниринг» (ФРФИ), с изменением названия кафедры в 2008 г. на  «Ценные бумаги и финансовый инжиниринг», а в 2011 г. – «Финансовые рынки и финансовый инжиниринг). (С 2008 по 2016 гг. кафедрой руководил профессор Б.Б.Рубцов).

В 2016 г. кафедра ФРФИ вошла вместе с департаментами «Банки и банковский менеджмент», «Денежно-кредитные отношения и монетарная политика» в состав Департамента финансовых рынков и банков (с 2020 г. - Департамент банковского дела и финансовых рынков).

В 2022 г. Департамент банковского дела и финансовых рынков был реорганизован путем выделения из него двух департаментов и одной кафедры. Одним из этих департаментов и является Департамент финансовых рынков и финансового инжиниринга ДФРиФИ (руководитель – профессор Е.Н.Алифанова).

Таким образом, ДФРиФИ ведет свое начало еще с начала 1990х годов, когда только создавался российский финансовый рынок. Преподаватели департамента (тогда кафедры) принимали непосредственное участие в его развитии (в сегменте рынка ценных бумаг). Они внесли заметный вклад в создание в России системы высшего профессионального образования по ценным бумагам. Об этом, в частности, говорят многочисленные учебники и учебные пособия, посвященные различным аспектам финансового рынка

Департамент - коллектив активных, инновационно настроенных исследователей и практиков рынка. Преподаватели департамента принимали активное участие в разработке системы законодательства по ценным бумагам, всегда тесно сотрудничали с государственными органами, регулирующими(вавшими) российский рынок ценных бумаг  (ФКЦБ/ФСФР, Банк России, Министерство финансов), фондовыми биржами, саморегулируемыми организациями профессиональных участников рынка ценных бумаг (НАУФОР, НФА, ПАРТАД, АУВЕР  и др.),  российскими и зарубежными информационно-аналитическими агентствами  и крупнейшими российскими и зарубежными профессиональными участниками – банками, брокерско-дилерскими компаниями, фондовыми биржами.

Департамент готовит студентов бакалавров по профилям «Финансовые рынки и финтех», профиль «Финансовые рынки и банки», «Финансы и инвестиции» и магистров по профилю «Экономика» и «Финансы и кредит»

Студенты  получают фундаментальную теоретическую подготовку по общеэкономическим и специальным финансовым дисциплинам. В результате обучения они должны знать, как устроены и функционируют финансовые рынки в России и за рубежом и какие факторы влияют на их развитие,  уметь проводить фундаментальный и технический  анализ финансовых рынков и принимать обоснованные инвестиционные решения, применять на практике методы управления рисками, управлять портфелем ценных бумаг, разрабатывать программы выпуска ценных бумаг предприятиями, готовить аналитические материалы, касающиеся функционирования различных сегментов финансового рынка, определять стратегию развития финансового посредника (банка, инвестиционной компании, инвестиционного фонда) на финансовом рынке. 

Выпускники Финансового факультета Финансового университета  по департаменту  «Финансовые рынки и  финансовый инжиниринг» успешно работают  в компаниях - профессиональных участниках финансового рынка: инвестиционных компаниях «Финам», «Ренессанс капитал», «БрокерКредитСервис», «Алор»,  банках «Газпромбанк», «Промсвязьбанк», «Альфа-Банк», «Росбанк» и др.,      на Московской бирже,  в финансовых департаментах компаний, активно занимающихся эмиссионной и инвестиционной деятельностью, в Банке России, Министерстве финансов.

Преподаватели ДФРиФИ ведут активную научно-исследовательскую работу в рамках двух научных школ.